ELIXIR mobilizē ekspertus transkriptomikas datu standartu apvienošanai un kvalitātes celšanai Eiropā: RNS datu fokusgrupas izveide

ELIXIR apvieno ekspertus no visas Eiropas, lai uzlabotu RNS datu ievākšanu, anotēšanu un atkārtotu izmantošanu, iniciatīva, kas iegūst jaunu sparu līdz ar ELIXIR RNS datu fokusa grupas [https://elixir-europe.org/focus-groups/rna-data] izveidi. RNS, kas agrāk tika uzskatīta galvenokārt par ģenētiskās informācijas pārraidītāju, mūsdienu biomedicīnā ieņem centrālu lomu, no vienas šūnas analīzēm un mikrobioma pētījumiem līdz RNS balstītās terapijas attīstībai. Taču, kamēr RNS sekvenēšanas tehnoloģijas attīstās strauji, datu interpretācijas un salīdzināmības standarti nespēj tām sekot līdzi, apdraudot datu kvalitāti un reproducējamību.

Jaunizveidotā RNS datu fokusa grupa, kurā apvienoti speciālisti no vairākiem ELIXIR mezgliem, tiecas aizpildīt šo plaisu. Tās mērķis ir izstrādāt kopīgus etalonus, uzlabot metadatu anotēšanu un veicināt savietojamību plašākā pētnieku kopienā, kas strādā ar transkriptomiku. No sistēmbioloģijas un bioloģiskās daudzveidības līdz vienas šūnas un mikrobioma pētījumiem — RNS dati kļūst par centrālu elementu, un saskaņoti standarti ir vitāli nepieciešami. Grupa jau ir uzsākusi praktisku darbu, tostarp piedaloties garo RNS sekvenēšanas nolasījumu etalonu izstrādē ELIXIR rīkotajā BioHackathon Europe 2025 Berlīnē.

Grupu koordinēs Ana Victoria Conesa Cegarra (ELIXIR Spānija), Wilfried Haerty (ELIXIR Apvienotā Karaliste) un Ernesto Picardi (ELIXIR Itālija), ar David Lloyd no ELIXIR centrālā mezgla atbalstu. Viņu vienotā pieredze balstās ELIXIR izveidotajā federēto datu infrastruktūrā un FAIR (atrodamības, pieejamības, savietojamības, atkārtotas izmantojamības) principos.

Arī Latvijas pētnieki šobrīd ģenerē vairāk RNS sekvenēšanas datu nekā jebkad agrāk — no fundamentālās bioloģijas līdz klīniskajiem pētījumiem —, taču nepilnīgi standarti apdraud šo datu ilgtermiņa vērtību. Agrīna Latvijas RNS ekspertu iesaiste fokusa grupas darbā ļautu mums aktīvi piedalīties nākamās paaudzes metadatu modeļu, ontoloģiju un standartizētu datu kopu izstrādē, veicinot pētniecības rezultātu starptautisku savietojamību un atpazīstamību.

Kā jau iepriekš ziņots, 2025. gada 1. jūnijā Rīgas Stradiņa universitāte uzsāka projektu „RSU dalība programmā Apvārsnis Eiropa” (projekta Nr. 1.1.1.5/3/25/I/014), kura ietvaros tiek īstenots viens no jaunajiem Latvijas Nacionālajiem partnerības un rīcības plāniem saskaņā ar Eiropas Stratēģisko pētniecības infrastruktūru foruma (ESFRI) un Eiropas pētniecības infrastruktūru konsorcija (ERIC) sistēmu. Pievienojoties RNS datu fokusa grupai, Latvija ieņem ne tikai dalībnieces, bet arī līdzveidotājas lomu Eiropas datu virzītajā dzīvības zinātņu nākotnē.